Добрый день.
п. 1 ст. 223 НК РФ дата фактического получения дохода для целей исчисления НДФЛ определяется как день выплаты дохода, в том числе перечисления дохода на счета налогоплательщика в банках либо по его поручению на счета третьих лиц - при получении доходов в денежной форме.
Соответственно, в день получения денежных средств вы получили доход для целей исчисления НДФЛ.
Из этого дохода вы убираете сумму НДС, относящегося к полученной сумме (ибо он в налоговую базу не включается), с остальной суммы уплачиваете налог.
Заказчик ведь вам не налог перечислил (что в принципе невозможно), а аванс, в котором сидит налог, исчисляемый по ставке 20/120, а не 100/100.
Цитата: В первом случае не понятно, откуда брать средства на оплату НДФЛ, ведь доходов фактически нет.
Это как бы проблема самого налогоплательщика, который не учел, что ему еще и НДФЛ нужно заплатить и не заложил его в сумму аванса.
Законодатель написал вам как будут считаться налоги, то есть правила вам известны, а дальше уже играйте по этим правилам, просчитывая сумму аванса, который покроет ваши расходы.